La découverte a renouvelé le débat sur la place des virus géants sur l'arbre évolutionnaire. S'agit-il de virus ou de cellules vivantes qui ont perdu la capacité de se reproduire indépendamment?
Les microbiologistes autrichiens ont découvert un virus qui se distingue de ses parents par la taille et la complexité de l'appareil. Le "détenteur du record", trouvé dans les eaux usées de la ville de Klosterneuburg dans l'est de l'Autriche, a un diamètre d'environ 400 nanomètres et une taille de génome de 1570 000 paires de bases (355 gènes). En l'honneur du lieu de découverte, le virus a été nommé Klosneuvirus. La découverte est rapportée par le magazine Science.
Le virus a été détecté à l'aide d'un arsenal de méthodes de métagénomique. En termes simples, le génome du virus a été assemblé morceau par morceau à partir des fragments trouvés dans les échantillons prélevés. Cette approche permet aux chercheurs d'étudier l'ensemble des gènes de tous les microorganismes présents dans l'environnement de l'échantillon sans les cultiver en laboratoire. Les auteurs du travail eux-mêmes évaluent la découverte comme un fait accompli et rapportent la découverte probable de trois espèces apparentées dans la région voisine.
La découverte a relancé le débat sur la question de savoir si les virus géants qui ont été découverts périodiquement au cours de la dernière décennie et demie sont des virus au sens strict du terme, ou si nous avons d'anciennes cellules vivantes qui sont autrefois devenues des parasites et ont perdu une bonne quantité d'informations génétiques avec ces adaptations sur un long chemin évolutif., qui a codé «ignoré». Dans ce cas, il semblerait logique de les séparer en un domaine séparé, égal aux bactéries, eucaryotes et archées.
Tailles de certains virus connus: Virus de la poliomyélite ~ 30 nm. Virus Zika ~ 45 nm. Adénovirus ~ 90 nm. VIH-1 ~ 120 nm. Mimivirus ~ 400 nm
En effet, la plupart des virus sont beaucoup plus petits que les cellules dans lesquelles ils envahissent et ont une taille très modeste de matériel génétique. Certains types de virus aviaire et porcin ne coûtent que deux gènes à se reproduire, contre des milliers même d'une bactérie ordinaire. Par exemple, le célèbre E. coli contient 4400 gènes - et ce n'est pas encore un record. Les virus géants connus (le premier a été découvert en 2003, et environ une demi-douzaine d'entre eux ont été décrits au total) contiennent environ un à deux mille gènes chacun, ce qui dépasse clairement le nombre minimum requis pour «capturer» une cellule et ensuite l'utiliser. Certains organismes, manifestement capables de vie et de reproduction indépendantes, coûtent moins cher.
Les sceptiques ne voient pas la nécessité du quatrième domaine, expliquant la redondance génétique des virus géants en empruntant du matériel hôte. Par exemple, Evgeny Kunin (National Center for Biotechnology Information, Bethesda, Maryland) qualifie de «cristallin» que les virus géants appartiennent à des groupes comprenant des formes beaucoup plus petites. En général, les auteurs de la découverte eux-mêmes sont enclins à ce point de vue. En faisant équipe avec des collègues, ils ont montré que des virus géants empruntaient progressivement du matériel génétique à différents hôtes. «Il n'y a aucune preuve d'un quatrième domaine, et ce document le confirme», déclare Curtis Suttle, virologue à l'Université de la Colombie-Britannique à Vancouver, Canada.
De plus, les sceptiques remettent en question le fait même de la découverte. Le microbiologiste Didier Raoult de l'Université de Marseille note qu'il serait bien de voir son propriétaire avant de tirer des conclusions sur l'évolution à partir du génome. La séquence des gènes est elle-même un argument mineur: ils changent souvent de place et subissent d'autres changements qui masquent leurs origines.
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Sergey Sysoev