L'Inquisition, en tant qu'institution de l'Église, date le début de son activité de 1215. Le pape Innocent III de l'époque, qui approuvait les droits et obligations fondamentaux des inquisiteurs, est le plus directement lié à la création d'un tribunal spécial pour l'Église catholique. Il vaut la peine de dire que l'identification et la persécution des soi-disant «hérétiques» ont commencé presque dès les premières années de l'émergence de la religion chrétienne et se poursuivent jusqu'à ce jour, bien sûr, pas sous une forme aussi sophistiquée et radicale qu'au Moyen Âge. L'église paléochrétienne a été forcée de mener une lutte désespérée non seulement avec des opposants extérieurs (principalement en la personne des empereurs romains), mais aussi avec des contradictions internes. Des disputes interminables entre les représentants du plus haut clergé chrétien sur le degré de sainteté de certains textes, ainsi que des désaccords dans leur interprétation, ont finalement conduit,à la création d'un certain ensemble unifié de règles concernant le clergé. Sur la base de l'enseignement apostolique de saint Paul et des révélations de Jean le Théologien, les évêques ont fait ressortir la doctrine de la "vraie foi" commune à tous les chrétiens, déclarant que tous ceux qui n'adhéraient pas à ses canons étaient hérétiques et "perdus".
À l'aube du christianisme, la peine maximale pour un apostat était l'excommunication. Le premier cas de rejet de la propriété d'un hérétique au profit du clergé a été enregistré en 316. Quelques décennies plus tard, en 385, la première condamnation à mort pour hérésie était déjà exécutée. L'écrivain et philosophe chrétien Priscillian a été exécuté avec plusieurs adeptes de sa doctrine. Ils ont tous été brûlés sur le bûcher; il ne sera pas superflu de noter que Priscillien a prêché l'ascèse, ce qui n'a pas empêché les zélotes de la «vraie foi» de le mettre à mort douloureusement.
À partir du XIe siècle, la persécution et la destruction des hérétiques ont commencé à prendre un caractère de masse. À l'époque du célèbre Frederick Barbarossa (de 1120 à 1190), un système de détection des crimes contre la religion a été développé et introduit. Selon elle, les personnes reconnues coupables d'un comportement inapproprié par rapport à l'église étaient soumises au tribunal de l'église. Dans le même temps, la dénonciation était largement utilisée et encouragée, en particulier lorsqu'il s'agissait de citoyens riches, dont les biens se retrouvaient invariablement dans le trésor de l'église. Enfin, en 1229, le pape Grégoire IX fonde un véritable tribunal de l'Église, dont le but est «d'identifier, de prévenir et de punir les hérésies». Par la suite, en 1478, cet organe judiciaire a été transformé en la soi-disant «Inquisition espagnole», l'une des formes les plus radicales et sauvages d'obscurantisme religieux.
Contrairement à la croyance populaire, les inquisiteurs eux-mêmes n'ont pratiquement jamais participé directement aux exécutions des personnes accusées d'hérétisme. Leur tâche consistait essentiellement à déterminer la culpabilité ou l'innocence d'un suspect en particulier. Les accusés, dans la très grande majorité des cas, ont été soumis à des tortures sophistiquées, essayant d'arracher des aveux de poursuites et de croyances hérétiques. Dans le cas où un «hérétique» ne mourrait pas sous la torture, avouerait des crimes contre l'église et s'en repentirait, la punition de l'église (pénitence) lui était imposée. Si l'accusé persistait à nier sa culpabilité ou était d'accord avec un seul point de l'accusation, en rejetant les autres, il était reconnu comme un «hérétique têtu» et remis au tribunal laïque. Donc,les inquisiteurs ont rejeté la responsabilité du sort ultérieur de la main qui leur est tombée et, formellement, n'ont pas exigé sa condamnation. Cependant, cette procédure judiciaire s'est accompagnée d'une volonté des autorités laïques de «punir selon le mérite», ce qui a privé les accusés de tout espoir de clémence.
L'Inquisition a joué son rôle dans la fameuse «chasse aux sorcières» qui a débuté à la fin du XVe siècle. A cette époque, une vague d'hystérie balayait l'Europe, associée à des rumeurs de présence massive de «serviteurs du diable» et «conclu un accord avec Lucifer» parmi la population commune. Pour être honnête, il faut dire que bien que l'Inquisition se soit engagée à identifier les sorcières, la plupart des condamnations à mort ont été prononcées sans sa participation, par des tribunaux laïques.
Les inquisiteurs n'ont pas permis une condamnation sans procès, mais, en même temps, presque jamais acquittés. Une personne accusée d'hérésie était coupable a priori, surtout si ses biens avaient de la valeur pour les hommes d'église. Pour cette raison, la Sainte Inquisition espagnole était particulièrement répandue dans les régions riches d'Europe, ravageant et condamnant le feu des riches citadins, agriculteurs et marchands, les accusant de blasphème et de culte des mauvais esprits. Dans le même temps, les dépositions orales de «témoins» ont suffi pour porter des accusations, et on leur a offert une petite récompense pour la dénonciation, prélevée sur les biens confisqués de l'accusé.
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Selon des données inexactes, le nombre de victimes de l'Inquisition espagnole pour toute la période de son activité dépasse trois cent quarante mille personnes, dont environ trente-deux mille ont été brûlées vives. Plus de dix-sept mille ont été brûlés après avoir été étranglés, les autres ont été soumis à la torture, à l'emprisonnement et à d'autres peines. Peu à peu, l'institution de l'Inquisition fut détruite dans presque tous les pays européens, y compris l'Espagne (en 1834) et le Portugal (en 1820), où son influence était particulièrement forte. L'organisation portant ce nom existait à Rome depuis le plus longtemps, ce n'est qu'en 1908 que le nom de la Sacrée Congrégation de la Sacrée Chancellerie a été renommé.